Trước ngày 01/7/2025, kế toán của các doanh nghiệp sản xuất phân bón gần như không phải động đến thuế GTGT đầu ra – vì phân bón thuộc diện không chịu thuế. Mọi thứ thay đổi khi Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 có hiệu lực: phân bón chịu thuế GTGT 5% kể từ 01/7/2025. Thay đổi này tác động đến cả nhà sản xuất, nhà phân phối lẫn người mua cuối. Đọc thêm toàn bộ khung pháp lý tại: Thuế GTGT là gì – Hướng dẫn A–Z 2026.
Trước đây phân bón được xử lý thuế thế nào?
Theo Luật Thuế GTGT cũ (trước Luật 48/2024), phân bón nằm trong danh mục không chịu thuế GTGT. Điều này có nghĩa: doanh nghiệp sản xuất phân bón không phải kê khai thuế đầu ra, nhưng đổi lại – toàn bộ thuế GTGT đầu vào mua nguyên liệu, máy móc, điện, gas… không được khấu trừ.
Thuế đầu vào không khấu trừ được thì đi đâu? Tính vào giá vốn. Giá vốn cao → giá bán cao → người nông dân mua phân bón phải chịu. Nghịch lý là chính sách “không chịu thuế” vốn được thiết kế để bảo vệ nông dân lại vô tình đội chi phí đầu vào nông nghiệp lên cao hơn.
Quy định mới: phân bón chịu thuế 5% từ 01/7/2025
Theo Điều 9 khoản 2 Luật 48/2024/QH15, phân bón các loại được chuyển từ nhóm không chịu thuế sang nhóm thuế suất 5%, áp dụng từ ngày 01/7/2025. Hướng dẫn chi tiết tại Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (không còn liệt kê phân bón trong nhóm không chịu thuế).
Cùng chuyển sang 5% trong đợt này là thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản và vật nuôi khác – cũng từng thuộc diện không chịu thuế. Hai nhóm hàng này hiện áp dụng cùng một cơ chế: xuất hóa đơn GTGT với thuế suất 5%, được khấu trừ thuế đầu vào.
Danh sách các nhóm hàng vẫn không chịu thuế GTGT (sau 01/7/2025) xem chi tiết tại: Hàng hóa không chịu thuế GTGT: 26 nhóm theo Luật 48/2024.
Tại sao lại chuyển sang 5%?
Lý do Quốc hội điều chỉnh chính sách lần này là để tháo gỡ vướng mắc về khấu trừ đầu vào.
Khi phân bón không chịu thuế, toàn bộ chuỗi sản xuất phải “nuốt” thuế đầu vào vào giá vốn. Một nhà máy đạm urê nhập khẩu khí tự nhiên làm nguyên liệu, mua điện, mua bao bì – tất cả khoản thuế GTGT này không được hoàn, không được khấu trừ, chỉ cộng vào giá thành. Kết quả là giá phân bón trong nước cao hơn hàng nhập khẩu từ các nước áp thuế 0% hoặc được hoàn thuế đầu vào.
Khi chuyển sang 5%, doanh nghiệp sản xuất được khấu trừ toàn bộ thuế đầu vào. Về lý thuyết, giá thành giảm, tạo điều kiện để giá bán cạnh tranh hơn – dù người mua cuối vẫn thấy thêm dòng “thuế GTGT 5%” trên hóa đơn.
Ảnh hưởng đến doanh nghiệp sản xuất và phân phối phân bón
Đây là nhóm hưởng lợi trực tiếp nhất từ thay đổi này.
Trước 01/7/2025, một doanh nghiệp sản xuất phân bón NPK với doanh thu 100 tỷ/năm và thuế đầu vào 8 tỷ đồng sẽ phải tính toàn bộ 8 tỷ vào chi phí sản xuất. Từ 01/7/2025, 8 tỷ này được kê khai khấu trừ, giảm trực tiếp nghĩa vụ thuế phải nộp. Phần chênh lệch thuế đầu ra 5% trên doanh thu (~5 tỷ) trừ đi đầu vào được khấu trừ (~8 tỷ) → doanh nghiệp có thể được hoàn thuế phần chênh lệch âm.
Doanh nghiệp nhập khẩu phân bón để bán trong nước tương tự: thuế GTGT nhập khẩu 5% nộp tại khâu nhập khẩu được kê khai khấu trừ với thuế đầu ra 5% khi bán nội địa.
Nông dân và hợp tác xã chịu ảnh hưởng gì?
Người mua phân bón – chủ yếu là hộ nông dân, hợp tác xã nông nghiệp – sẽ nhận hóa đơn có dòng thuế GTGT 5% mà trước đây không có. Thực tế chi phí tăng thêm bao nhiêu phụ thuộc vào việc nhà sản xuất có chuyển giảm giá bán (nhờ được khấu trừ đầu vào) hay không.
Hộ nông dân không đăng ký kinh doanh và không nộp thuế GTGT sẽ không thể khấu trừ khoản 5% này – đây là chi phí thực tế tăng thêm. Hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì ngược lại: thuế đầu vào 5% trên phân bón được kê khai khấu trừ bình thường.
Hóa đơn và kê khai thuế cần điều chỉnh thế nào?
Từ 01/7/2025, doanh nghiệp kinh doanh phân bón cần thực hiện 4 việc:
Cập nhật phần mềm kế toán: Đổi mã thuế suất từ “không chịu thuế” (KCT) sang 5%. Phần mềm MISA, Fast Accounting và các phần mềm phổ biến đã có bản cập nhật – kiểm tra phiên bản đang dùng.
Điều chỉnh hợp đồng: Các hợp đồng mua bán phân bón dài hạn ký trước 01/7/2025 cần làm phụ lục điều chỉnh điều khoản thuế GTGT. Nếu giữ nguyên hợp đồng cũ và xuất hóa đơn mới có thuế 5%, dễ phát sinh tranh chấp với bên mua về giá hợp đồng đã thỏa thuận.
Xuất đúng loại hóa đơn: Từ ngày 01/7/2025, phải xuất hóa đơn GTGT (không phải hóa đơn bán hàng) khi bán phân bón, với thuế suất 5% tách riêng trên hóa đơn. Nếu lỡ xuất hóa đơn bán hàng thì cần hủy và lập lại đúng loại.
Kê khai Tờ khai 01/GTGT: Phân bón xuất ra kê vào cột thuế suất 5% ở bảng kê hàng hóa dịch vụ bán ra. Thuế đầu vào phục vụ sản xuất/kinh doanh phân bón được kê khai khấu trừ toàn bộ (không cần phân bổ như trước).
Câu hỏi thường gặp
Phân bón nhập khẩu có chịu thuế GTGT 5% không?
Có. Phân bón nhập khẩu chịu thuế GTGT 5% tại khâu nhập khẩu, nộp cùng với thuế nhập khẩu (nếu có). Doanh nghiệp nhập khẩu để kinh doanh được kê khai khấu trừ khoản này.
Phân bón xuất khẩu thì sao?
Xuất khẩu thì áp thuế suất 0% – không phải 5%. Điều kiện áp 0%: phải có hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và tờ khai hải quan. Xem chi tiết điều kiện tại bài Thuế suất GTGT 2026: 0%, 5%, 10%.
Hóa đơn bán phân bón ký trước 01/7/2025 nhưng giao hàng sau thì tính thuế suất nào?
Thời điểm xác định thuế GTGT là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc hoàn thành dịch vụ (Điều 15 NĐ 181/2025). Nếu hàng giao sau 01/7/2025, áp thuế suất 5% – dù hợp đồng ký trước. Nếu đã xuất hóa đơn sớm (trước giao hàng) thì áp theo thời điểm xuất hóa đơn.
Phân bón hữu cơ tự sản xuất để sử dụng nội bộ có phải kê khai không?
Hàng hóa tự sản xuất để tiêu dùng nội bộ không phải xuất hóa đơn và không phải kê khai thuế GTGT đầu ra (Điều 5 khoản 3 NĐ 181/2025). Điều kiện: phải có chứng từ xác nhận hàng dùng cho mục đích sản xuất nội bộ, không bán ra ngoài.
Kết luận
Việc phân bón chuyển sang thuế suất 5% là thay đổi chính sách có lợi cho doanh nghiệp sản xuất và phân phối – nhưng đòi hỏi cập nhật ngay hóa đơn, phần mềm và hợp đồng. Để tránh xuất sai hóa đơn hoặc kê khai thiếu thuế đầu vào, doanh nghiệp nên rà soát lại toàn bộ quy trình kế toán thuế GTGT liên quan đến mặt hàng này.
Nếu doanh nghiệp bạn đang kinh doanh phân bón, thức ăn chăn nuôi hoặc các mặt hàng nông nghiệp có thay đổi thuế suất, DVL sẵn sàng hỗ trợ rà soát và điều chỉnh quy trình kê khai.
Xem thêm: Thuế GTGT là gì – Hướng dẫn toàn diện | Thuế suất GTGT 2026: 0%, 5%, 10% | 26 nhóm hàng không chịu thuế GTGT